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美国科学院是科学家的荣誉性组织及政府咨询机构，其下不设研究机构，1863年根据林肯总统签署的国会法令创立，职责是应政府各部门要求，对科学和艺术领域的任一学科进行调查、检验并提出报告。随着科学问题的复杂化以及科学技术在公众生活中的作用越来越大，根据国家科学院法，国家科学院于1916年设立国家研究委员会为其执行机构，于1964年成立国家工程院，于1970年成立国家医学院。国家工程院和国家医学院均以国家科学院的名义提供咨询。
美国国家卫生研究院是美国联邦政府从事和资助生命科学研究的重要机构，初创于1887年美国海军总医院的一间卫生实验室，目的在于效仿德国的卫生设计，为公众健康服务。1901年，国会为该实验室建设拨款3.5万美元。2010年，NIH的预算达312亿美元，其中80%的预算以竞争性经费的方式资助NIH院外3000多所大学和研究机构的30多万研究人员，10%的预算用于院内的6000多名联邦科学家。NIH拥有27个研究所、研究中心和一个院长办公室，其中24个研究机构直接接受国会拨款从事研究，研究人员不需要向外申请经费。
1977年10月1日，美国能源部根据《能源部组织法》正式成立，其职责承担联邦政府能源政策制定、能源行业管理、能源研究和开发、武器研制等。其使命随国家需求而调整，比如20世纪70年代，强调能源的开发和管理，80年代，核武器的研究和开发、生产与储存是重点；冷战结束后，能源部则致力于与核武器有关的环境清理、不扩散核武器的储存和管理、能源效率和技术转移等。能源部下属10个国家实验室是从事物质科学研究的国家队，这些国家队有如航空母舰般巨大，比如，西北太平洋国家实验室，现有员工5000余人，2010年的预算达11亿美元；洛斯阿拉莫斯国家实验室有员工6800多人，2010年预算达12亿美元。
通过对中科院8个研究所的评估，他认为在评估方面已经有了基础和一整套的做法、措施，但人事制度还没有完全跟上。“比如说，有些人不太适合作最前沿、第一流的研究，在这种情况下怎么通过人性化的人事制度来发挥他们的作用；或者调整其岗位，做支撑性或辅助性的工作，或者转行。从中科院来讲，要作相应的制度改革，一方面，一定要有比较公正、国际化的评估体制，还要有具体的，与评估制度配套的人事措施，否则，评估好的多得一些钱，评估结果不好，不适合的人仍然在原岗位，再往下就人满为患，评估就白做了。”
